De Nederlandse DNA-databank wordt beheerd door het NFI, onder verantwoordelijkheid van de minister van justitie en veiligheid. Sinds 2009 is de Nederlandse DNA-databank een zelfstandig en onafhankelijk onderdeel van het NFI. De Nederlandse DNA-databank beheert meerdere databanken, namelijk de DNA-databank voor strafzaken, de DNA-databanken van de andere Koninkrijksdelen, de DNA-databank voor vermiste personen en de eliminatiedatabank. De DNA-databank voor vermiste personen maakt juridisch gezien deel uit van het vermiste personen systeem van het Landelijk Expertisecentrum Persoonsvermissingen (LOEP, voorheen Landelijk Bureau Vermiste Personen).
Deze databanken hebben als doel het voorkomen, opsporen, vervolgen en berechten van strafbare feiten en de identificatie van vermiste en onbekende personen.
De databank ontvangt DNA-profielen ISO-17025 geaccrediteerde forensisch DNA-laboratoria. In Nederland zijn dit het Nederlands Forensisch Instituut (NFI), het Forensisch Laboratorium voor DNA Onderzoek (FLDO) van het Leids Universitair Medisch Centrum, en The Maastricht Forensic Institute/ Eurofins (TMFI).